4月12日，中國環保部陸續對外公布2016年第二批中央環保督察反饋情況。截至目前，已有包括陝西、上海、北京、重慶在內的四省份被曬出“問題清單”，其中以北京、上海最為引人注目。
4月12日，中央第二環境保護督察組向上海市委、市政府進行督查反饋時表示，上海生活垃圾處理能力缺口較大，導致垃圾非法傾倒事件頻發，生活垃圾違規處置問題突出。此前的2016年11月28日至12月28日，中央第二環境保護督察組對上海市開展環境保護督察。
對上海的環保工作，督察組總體給予肯定，“上海市環境保護工作取得明顯成效，但生態環境質量依然是影響城市整體發展的一個突出短板，與市民日益增長的環境需求和建設生態宜居城市目標相比還有較大差距。”
督察組認為，上海存在的主要問題之一就是部分環保工作放鬆要求、降低標準。根據有關要求，上海市生活垃圾應於2015年全部實現無害化處理，處理能力達到3.34萬噸/日，但上海市截至督察時實際處理能力僅為2.4萬噸/日，缺口較大。
督察組舉例稱，楊浦區綠化和市容管理局與無資質的個人口頭約定，由其承運處理生活垃圾，部分垃圾非法跨省傾倒；嘉定區安亭鎮黃渡環衛所違規將生活垃圾及垃圾中轉站委託無資質的上海康家有害生物防制有限公司管理，並允許其違規將垃圾運至外省處置。
督察組還着重表示，上海在水環境治理方面攻堅克難不夠，甚至自降標準。另外，上海市水務部門在核髮油墨、澱粉、紡織染整等行業企業排水許可證時放鬆標準，未執行國家行業標準有關要求。
2014年11月，國務院辦公廳《關於加強環境監管執法的通知》要求，各地全面清理違法違規建設項目應於2016年底前完成整改任務。但督察組抽查浦東新區、金山區、松江區等地發現，大量違法違規項目未納入清理範圍。
在飲用水水源保護方面，上海市未按照相關法律法規要求，將閔行二水廠和奉賢三水廠取水口納入一級保護區範圍；污泥處置能力建設也推進緩慢，浦東新區、崇明區未按要求建成污泥處理設施；應於2014年竣工的寶山區石洞口污水處理廠污泥處理完善工程至今未完成。另外，上海市18家城鎮污水處理廠存在出水重金屬超標情況，且6家長期超標。
上海市有關部門執法監管被認為偏軟偏弱。督察組稱“上海市水務部門有法不依、處罰不嚴，導致一些工業企業超標納管問題長期存在。”
另外，上海石化、高橋石化等部分重點企業沒有按時完成揮發性有機物治理任務。上海市現有危險化學品倉儲企業73家，其中32家未經環評審批。
4月12日，中央第一環境保護督察組對北京市委、市政府反饋督查意見時指出： “（北京）部分基層領導幹部在思想認識上習慣把環境問題歸咎於客觀原因，談及大氣污染就強調區域外來輸入，談到水污染就強調水資源不足，對主觀原因和自身工作問題認識不足。”
2013年以來，北京市累計投入683億元財政資金用於環境治理，全市燃煤總量從2013年2300萬噸削減到2016年950萬噸，城市核心區基本實現“無煤化”，並且在全國最早完成PM2.5源解析研究。
然而，督察組指出，北京市大氣環境治理仍存薄弱環節。重型柴油車和非道路移動機械污染防控不力，本地有重型柴油車27萬餘輛，其中車齡10年以上的有約1.1萬輛，車輛冒黑煙現象時有發生。對外埠貨運車輛尾氣執法檢測手段不足，處罰力度偏弱，多按低限處罰，且勸返效果不佳，罰款變相成為“過路費”。
此外，北京部分區域和企業大氣環境治理形勢嚴峻。大興區2016年已成為全市大氣污染最嚴重區域，督察進駐時仍有工業大院近70個，低端企業近萬家，環境髒亂差問題突出。順義區連續兩年沒有完成PM2.5濃度削減目標，降塵量位於北京市前列，一些已完成清潔能源改造的村莊存在復燒散煤現象。燕山石化2014年實施的VOCs治理減排項目中，截至督察時有3項沒有正常運行，下屬環境監測單位管理不規範。
督察組認為，北京城市環境管理仍然比較粗放。北京市環境基礎設施建設滯後，運行管理比較粗放。2015年全市206個地表水監測斷面中有106個不符合水功能區要求，劣V類斷面佔比39%。
與2013年相比，全市有29個河流監測斷面污染物濃度不降反升；9條有水的出境河流中，8條為劣V類。黑臭水體治理進展遲緩，2016年應完成19條黑臭水體治理任務，但截至2016年12月僅完成1條。密雲水庫飲用水水源二級保護區內仍有放馬峪鐵礦等3家公司繼續生產，未按要求在2008年底前關閉。
督察組指出，北京市環境保護工作落實和考核問責不夠到位，存在壓力傳導層層遞減，考核流於形式，追責不力等問題。部分基層領導幹部在思想認識上習慣把環境問題歸咎於客觀原因，談及大氣污染就強調區域外來輸入，談到水污染就強調水資源不足，對主觀原因和自身工作問題認識不足。
此外，一些部門履職不到位，市國土資源局違反相關規定，為北京哲君科技開發有限公司採礦許可證延期；市發展改革部門協調落實不力，致使全市本地發電量不降反增，外調電比例從2013年63.8%下降至2015年56.5%，給大氣污染治理工作帶來被動。
督察要求，北京市要進一步加快疏解非首都功能，發揮京津冀協同發展的牽頭作用，加強城市建設，特別是環境基礎設施建設，創新城市管理模式，提升精細化水平，要強化環境保護黨政同責和一崗雙責，健全黨政領導幹部政績考核制度和生態環境損害責任追究制度，打好環境治理攻堅戰和持久戰。